De werkgever is volledig verantwoordelijk voor ziekteverzuimbegeleiding en re-integratie van zieke werknemers. Die werknemer wordt verplicht om mee te werken. Wanneer of werkgever of werknemer zich niet aan hun verplichtingen houden volgen er financiële sancties. Hierbij is het niet van belang of de werknemer schuld heeft aan het ziekteverzuim, een werknemer met een hernia vanwege te zwaar sporten bijvoorbeeld moet dus ook door de werkgever gere-integreerd worden.

Een casemanager (iemand van het eigen bedrijf of een arbodienst) dient bij ziekte een strak tijdpad te bewaken. Vanaf het eerste moment van verzuim dient er actie ondernomen te worden. Wanneer duidelijk is dat het verzuim langer duurt dan 6 weken dan dient er door een bedrijfsarts een probleemanalyse opgesteld te worden. In deze probleemanalyse staat een beschrijving van de aard van de beperkingen, de mogelijkheden, de doelstelling (terugkeer in eigen functie, dan wel in aangepast werk of een andere functie) en een werkhervattingsprognose. Zowel werkgever als werknemer dienen het re-integratiedossier bij te houden. Alle gegevens en resultaten worden hierin bijgehouden. Mocht al na 6 weken helder zijn dat de zieke werknemer niet meer kan terugkeren in eigen werk dan zal een 2e spoor re-integratietraject per direct moeten worden opgestart.

Aan het einde van het tweede jaar van verzuim dient de werknemer een WIA-aanvraag samen met het re-integratieverslag in te leveren bij het Uitvoeringsinstituut Werknemersverzekeringen (UWV). Wanneer een werkgever naar mening van het UWV te weinig heeft gedaan om zijn werknemer uit de WIA te houden, kan deze als sanctie opgelegd krijgen dat hij (maximaal) een jaar lang het loon van de werknemer door moet betalen. De extra loondoorbetalingsverplichting kan echter op verzoek van de werkgever worden bekort. Dit is mogelijk indien hij kan aantonen dat hij zijn gebrekkige re-integratie-inspanningen heeft hersteld. Er bestaan twee soorten gebreken waarvoor het UWV de werkgever een extra loondoorbetalingsverplichting kan opleggen. Een administratieve tekortkoming die voornamelijk ziet op termijn en indieningsgebreken. En een inhoudelijke loonsanctie, deze ziet op gebreken tijdens het re-integratie-traject. Wanneer een werknemer onvoldoende heeft meegewerkt kan deze als sanctie opgelegd krijgen de stopzetting van de loondoorbetaling, ontzegging toegang tot de WIA of ontslag. Wanneer zowel werkgever als werknemer naar de mening van de UWV te weinig inspanningen hebben gepleegd om tot werkhervatting te komen kan het UWV de WIA-aanvraag afwijzen.

Wanneer de re-integratie na twee jaar al vergevorderd is kunnen werknemer en werkgever de WIA-keuring uitstellen. De werknemer krijgt dan langer loon doorbetaald en komt op dat moment niet in de WIA.

Door vroegtijdige re-integratie-inspanningen en vooral door strengere toelatingsnormen stromen minder mensen in de WIA dan voor invoering van de Wet verbetering poortwachter. Tijdige inspanningen en interventies voorkomen dat medewerkers langer uitvallen dan nodig. Voor de werkgever is het gunstig als het verzuim zo kort als mogelijk duurt, aangezien de werkgever de eerste twee jaar minstens 70% van het salaris doorbetaalt. In de praktijk volgens de meeste CAO's het eerste jaar 100%. Hierdoor zijn werkgevers bereid kosten te maken voor re-integratie.

In het midden- en kleinbedrijf kan het voorkomen dat een interne case managers wordt aangewezen met onvoldoende expertise, als dit niet uitbesteed wordt. Bovendien kan het in kleinere bedrijven moeilijker zijn om een werknemer te herplaatsen en wordt het risico op arbeidsongeschiktheid niet over een grotere poule van werknemers gespreid, waardoor bij pech ongunstige situaties kunnen ontstaan. Mocht het UWV uiteindelijk besluiten een loonsanctie op te leggen, dan is deze sanctie voor een bedrijf met 1 werknemer net zo hoog als voor een bedrijf met honderden werknemers, terwijl bij laatstgenoemde de kosten van een loonsanctie over de gehele loonsom slechts een fractie zijn. Bij een bedrijf met 1 werknemer zal een loonsanctie veelal de toekomst van het bedrijf in gevaar brengen.